Αφότου προσλήφθηκε στην Επιτροπή το 1987, ο κ. Μαρκοπουλιώτης υπηρέτησε σε σειρά συμβουλευτικών και διοικητικών θέσεων σε ευρύ φάσμα τομέων, όπως η περιφερειακή πολιτική, οι θαλάσσιες υποθέσεις, η απασχόληση, η αλιεία και η επικοινωνία.
Επίσης, υπηρέτησε στα ιδιαίτερα γραφεία των Eπιτρόπων Bruce Millan και Monika Wulf-Mathies, αρμόδιων για τις περιφερειακές πολιτικές και το ταμείο συνοχής στις Επιτροπές Delors II και Santer, αντιστοίχως.
Κατά το διάστημα 2001-2006 διετέλεσε επικεφαλής της Αντιπροσωπείας της Ευρωπαϊκής Επιτροπής στην Ελλάδα, ενώ το 2006, αφού επέστρεψε στις Βρυξέλλες, διορίστηκε προϊστάμενος της μονάδας της Γενικής Διεύθυνσης Επικοινωνίας που είναι επιφορτισμένη με τον συντονισμό των Aντιπροσωπειών στα κράτη μέλη.
Από τον Φεβρουάριο του 2010 έως τον Δεκέμβριο του 2011 ο κ. Μαρκοπουλιώτης εργάστηκε ως επικεφαλής του ιδιαίτερου γραφείου της Επιτρόπου κ. Μαρίας Δαμανάκη, η οποία ήταν αρμόδια για τις θαλάσσιες υποθέσεις και την αλιεία, ενώ από τον Μάρτιο του 2012 υπηρέτησε ως επικεφαλής της Αντιπροσωπείας της Επιτροπής στην Κύπρο.
Ιστορικό
Η Επιτροπή διατηρεί αντιπροσωπείες και στα 28 κράτη μέλη της ΕΕ, καθώς και περιφερειακά γραφεία στη Βαρκελώνη, το Μπέλφαστ, τη Βόννη, το Κάρντιφ, το Εδιμβούργο, τη Μασσαλία, το Μιλάνο, το Μόναχο και το Βρότσλαβ.
Οι αντιπροσωπείες αποτελούν τα μάτια, τα αυτιά και τη φωνή της Επιτροπής επί τόπου σε όλα τα κράτη μέλη της ΕΕ. Συνεργάζονται με τις εθνικές αρχές και τους ενδιαφερόμενους φορείς και πληροφορούν τα μέσα ενημέρωσης και το κοινό για τις πολιτικές της ΕΕ.
Οι αντιπροσωπείες υποβάλλουν εκθέσεις στις κεντρικές υπηρεσίες της Επιτροπής σχετικά με τις σημαντικές εξελίξεις στα κράτη μέλη. Από την έναρξη της θητείας της Επιτροπής Juncker, οι επικεφαλής των αντιπροσωπειών διορίζονται από τον πρόεδρο και αποτελούν πολιτικούς εκπροσώπους του στο κράτος μέλος στο οποίο υπηρετούν.
